Geneious中將樹元數(shù)據(jù)分配給分支機(jī)構(gòu)還是分配給節(jié)點(diǎn)有關(guān)系嗎？
基于機(jī)器學(xué)習(xí)翻譯，僅供參考
系統(tǒng)發(fā)生樹通常包含與樹的內(nèi)部節(jié)點(diǎn)或分支相關(guān)的信息。例如，以下爬行動(dòng)物的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系具有與其分支相關(guān)的引導(dǎo)值，并且在內(nèi)部節(jié)點(diǎn)上具有較高的分類學(xué)等級(jí)名稱（例如，Amniotes，Archosaurs）。
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這些信息可以包含在Nexus和Newick純文本樹文件中。但是，這些格式不能區(qū)分應(yīng)在內(nèi)部節(jié)點(diǎn)上顯示的值和應(yīng)與內(nèi)部分支關(guān)聯(lián)的值。因此，當(dāng)您將這些格式導(dǎo)入Geneious時(shí)，系統(tǒng)會(huì)要求您指定是將屬性視為分支支持值還是節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽。
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分配支持值給分支或節(jié)點(diǎn)的影響
正確地生根樹通常是創(chuàng)建或?qū)霕浜蟮牡谝徊?，因?yàn)橛捎诖蠖鄶?shù)樹推理方法的性質(zhì)，根的初始位置通常是任意的。因?yàn)楫?dāng)樹被重新植入時(shí)，與內(nèi)部節(jié)點(diǎn)和分支關(guān)聯(lián)的值的行為會(huì)有所不同，因此Geneious需要知道這些值是否為節(jié)點(diǎn)支持值或分支標(biāo)簽才能將其正確放置在重新生成的樹上。
例如，考慮下面的靈長類樹。左邊的樹（a）已經(jīng)任意植根于人類分支，而不是其他哺乳動(dòng)物分支。注意人類和黑猩猩與其余分類群的分裂（分支）支持值為85％，盡管根的位置具有誤導(dǎo)性，但它代表了對(duì)人類和黑猩猩分支（Hominini）的支持。通過將引導(dǎo)支持值視為分支支持，當(dāng)樹重新植根于右側(cè)樹（b）中的其他哺乳動(dòng)物分支時(shí)，85％引導(dǎo)值正確地停留在將人和黑猩猩與其他分類群分離的分支上，現(xiàn)在位于Hominini節(jié)點(diǎn)旁邊。
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靈長類樹a）任意地在人類分支b）正確地與其他哺乳動(dòng)物分支重新扎根。
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如果我們將引導(dǎo)程序支持視為與節(jié)點(diǎn)相關(guān)的值，則重新生成樹會(huì)將相關(guān)的引導(dǎo)程序值與錯(cuò)誤的節(jié)點(diǎn)相關(guān)聯(lián)，如下面的樹中所示。在這種情況下，85％的bootstrap支持值出現(xiàn)在Great Apes節(jié)點(diǎn)上，給人的印象是它表示支持錯(cuò)誤的分支（即Great Apes），而不是Hominini。
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由于與節(jié)點(diǎn)而不是分支相關(guān)聯(lián)，靈長類樹重新植根于其他哺乳動(dòng)物分支，其引導(dǎo)值位于錯(cuò)誤的地方。
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