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Geneious

自動(dòng)標(biāo)注,實(shí)時(shí)序列分析和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

用我們?nèi)娴腄NA序列編輯工具對(duì)您的序列充滿信心。 編輯并注釋序列,然后將您的作品導(dǎo)出為可發(fā)布的圖像。

Odoo圖像文字塊

使用自動(dòng)注釋很容易發(fā)現(xiàn)

根據(jù)公共或本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)中的現(xiàn)有模式和注釋自動(dòng)注釋新基因組,包括將ORF注釋為基于這些模式和基于NCBI的查詢的假設(shè)基因。

  • 用ORF標(biāo)注序列或用Glimmer預(yù)測(cè)基因
  • 通過(guò)復(fù)制和粘貼序列搜索圖案
  • 基于相似性的注釋(大型序列數(shù)據(jù)庫(kù))
  • 使用對(duì)齊方式傳輸注釋
  • 用火衛(wèi)一檢測(cè)串聯(lián)重復(fù)
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強(qiáng)大的SNP檢測(cè)和變異調(diào)用

在美麗的瀏覽器中導(dǎo)航讀取。 在序列查看器中手動(dòng)輕松識(shí)別,檢查和解決分歧,或快速注釋較大重疊群上的變異。 該功能可以配置為

  • 通過(guò)查找高于最低閾值的分歧來(lái)屏幕讀取錯(cuò)誤。
  • 僅在編碼區(qū)域找到分歧
  • 確定變異對(duì)蛋白質(zhì)翻譯的影響,包括僅密碼子中第一個(gè)和第三個(gè)位置發(fā)生變化的變異
  • 計(jì)算SNP正確的概率
  • 消除高鏈偏倚的SNP
  • 將您的變體導(dǎo)出到csv
  • 搜索并注釋短的結(jié)構(gòu)變體,例如短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)和插入和刪除事件(InDels)
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實(shí)時(shí)序列預(yù)測(cè)

只需點(diǎn)擊幾下,您就可以找到您的序列,包括:

  • DNA翻譯   - 翻譯和補(bǔ)充您的核苷酸序列。 一次翻譯任何一幀或全部6幀,或者只是翻譯您感興趣的注釋或選擇。
  • 共有序列   -根據(jù)您選擇的身份方案,其中包括在其上會(huì)自動(dòng)選擇最佳的基地呼叫色譜數(shù)據(jù)“以質(zhì)量求共識(shí)”預(yù)測(cè)一致序列
  • DNA序列   - 預(yù)測(cè)身份,讀取覆蓋率,有關(guān)基本頻率,殘基頻率,CpG島等的眾多統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)
  • 蛋白質(zhì)序列   - 預(yù)測(cè)分子量,等電點(diǎn),疏水性,跨膜區(qū)域,卷曲螺旋區(qū)域,氨基酸電荷等

在Geneious中的自動(dòng)標(biāo)注

視頻簡(jiǎn)介

中/英文教程

下載免費(fèi)試用版和我們的其中一個(gè)教程,以交互方式掌握Geneious的功能。


教程 - 成對(duì)對(duì)齊

利用dotplots和比對(duì)算法開發(fā)將Gene和DNA序列對(duì)齊的技能。


教程 - 三維結(jié)構(gòu)

探索Geneious 3D結(jié)構(gòu)查看器中的控件,并學(xué)習(xí)如何使用它來(lái)可視化蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的活動(dòng)網(wǎng)站。

 

應(yīng)用筆記

在Geneious中創(chuàng)建SNP樹

關(guān)于如何使用來(lái)自埃博拉病毒分離株的下一代測(cè)序數(shù)據(jù)在Geneious中生成SNPtree的概述。

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