中國CDC使用Geneious Prime是怎么鑒定出來2019-nCoV新型冠狀病毒和發(fā)現(xiàn)進(jìn)化的？
Geneious Prime作為關(guān)鍵性工具對新型冠狀病毒基因組分析、自動(dòng)注釋、查看 和操縱病毒進(jìn)化系統(tǒng)發(fā)育樹
? ? ? ? 細(xì)胞培養(yǎng)中的病毒分離，基于免疫熒光的測定法和確定核酸的分子技術(shù)已成功用于檢測和鑒定病毒。另一方面，最常用的病毒定量方法可分為三大類：測量病毒感染性的技術(shù)（病毒噬斑測定，TCID50和免疫熒光病灶分析），檢查病毒核酸和蛋白質(zhì)（qPCR，免疫印跡，免疫沉淀，ELISA和血細(xì)胞凝集分析）的試劑，以及直接計(jì)數(shù)物理病毒顆粒的試劑（病毒流式細(xì)胞儀和透射電子顯微鏡）。由于這些已建立的獨(dú)立方法都有一些局限性（表1）。
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? ? ? 在這里，我們羅列了一些最常見的病毒鑒定和定量方案，目前在實(shí)驗(yàn)和診斷病毒學(xué)中普遍使用它們。基于后來改進(jìn)的病毒鑒定和定量技術(shù)，如質(zhì)譜法和下一代測序/宏基因組學(xué)(mNGS)，人們進(jìn)行了探索，從而以克服它們的局限性。而此次2019-nCoV新型冠狀病毒的發(fā)現(xiàn)mNGS技術(shù)就扮演了相當(dāng)重要的"先知"角色，更使得技術(shù)人員在第一時(shí)間警覺不會束手無策，并從而奠定后續(xù)快速鑒定、診斷之路。親歷人員更回顧性總結(jié)發(fā)出“今夜再次被證實(shí)，mNGS技術(shù)將被推向神壇”的預(yù)言。
? ? ? 在這里，我們羅列了一些最常見的病毒鑒定和定量方案，目前在實(shí)驗(yàn)和診斷病毒學(xué)中普遍使用它們。基于后來改進(jìn)的病毒鑒定和定量技術(shù)，如質(zhì)譜法和下一代測序/宏基因組學(xué)(mNGS)，人們進(jìn)行了探索，從而以克服它們的局限性。而此次2019-nCoV新型冠狀病毒的發(fā)現(xiàn)mNGS技術(shù)就扮演了相當(dāng)重要的"先知"角色，更使得技術(shù)人員在第一時(shí)間警覺不會束手無策，并從而奠定后續(xù)快速鑒定、診斷之路。親歷人員更回顧性總結(jié)發(fā)出“今夜再次被證實(shí)，mNGS技術(shù)將被推向神壇”的預(yù)言。
? ? 我們基于中國CDC發(fā)表在《柳葉刀》的重要文獻(xiàn)梳理了基于mNGS技術(shù)鑒定2019-nCoV新型冠狀病毒的技術(shù)路線、對下游RT-PCR試劑開發(fā)的支持、以及病毒進(jìn)化分析的前世今生的方法進(jìn)行了歸納。參考下圖（如看不清此圖請掃碼免費(fèi)共享高清大圖）。
鑒定2019-nCoV新型冠狀病毒通用技術(shù)路線和病毒差異化分析概要
同時(shí)我們制作了一份基于寨卡病毒為藍(lán)本的step by step中文教程，旨在提供全流程分析：鑒定寨卡病毒和進(jìn)化分析。添加技術(shù)支持微信mzdbiotech免費(fèi)獲取教程。
從病毒數(shù)據(jù)樣本獲得、數(shù)據(jù)前處理、映射到參考、Blast搜索、Zika病毒變異性內(nèi)的系統(tǒng)發(fā)育分析等流程進(jìn)行細(xì)致的演示，期望此種技術(shù)的廣泛傳播成為各種實(shí)驗(yàn)室的基礎(chǔ)能力進(jìn)而識別新型病毒和變異，提供預(yù)防和診治的手段，造福人類。
